La flora amazónica está bendecida por la naturaleza. En medio del bosque se encuentran innumerables especies comestibles, oleaginosas, medicinales y colorantes. De las 100.000 especies de plantas presentes en América Latina, alrededor de 30.000 se encuentran en la Amazonía. La planta más famosa es el nenúfar, el símbolo de la flor del Amazonas. Conocida como la "reina de los lagos", la Victoria Regia (Vitoria regia lindl) extiende sus hojas en aguas poco profundas y corrientes, formando una bandeja verde redonda. Mide desde 1 ma 1,80 m de diámetro. Lleva el nombre de un naturalista inglés en honor a la reina Victoria por su exuberancia. La flor cambia de color con el tiempo; el primer día de apertura, los cogollos son blancos y se vuelven rosados el segundo día. A partir del tercer día comienza a florecer a las 17:00 y completa el ciclo a las 21:00.

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Los diferentes grados de humedad durante el período de crecida de los ríos, la calidad del suelo, los vientos y las lluvias proporcionaron formaciones vegetales muy distintas. La suma de ellos conforma una región única en el planeta y da vida a la gran biodiversidad amazónica.

La vegetación se puede dividir en tres tipos:

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- Bosques de tierra firme

Ocupan terrenos no inundables. Tienen de 140 a 280 especies por hectárea, incluidos los grandes árboles de madera dura del Amazonas. En algunos lugares, las copas de los árboles son tan grandes que bloquean hasta el 95% de la luz solar. Los principales representantes de este tipo de vegetación son el cedro, la caoba, el angelim-piedra, el castaño, el caucho, el guaraná y el timbó, árbol utilizado por los indígenas para envenenar los peces.

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- Bosque de Igapó

Ocupan las tierras bajas, cercanas a los ríos y están permanentemente inundadas. Durante el período de inundaciones, el agua llega a las copas de los árboles, formando "igapós". Cuando este fenómeno ocurre en pequeños ríos y afluentes, se les llama "igarapés". La mayoría de los árboles miden entre 2 my 3 m, pero algunos pueden alcanzar hasta 20 m de altura. La especie más famosa de este tipo de bosque es el nenúfar.

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- bosque de llanura aluvial

Se ubican entre la tierra firme y los igapós. Tienen alrededor de 100 especies de plantas por hectárea. Hay tres categorías: llanura aluvial baja e intermedia (con predominio de palmeras y algunas especies cuyas raíces ayudan a fijar el oxígeno) y llanura alta (con suelo menos afectado por las mareas y mayor biomasa gracias a especies arbóreas como la andiroba). Está formado por árboles de gran tamaño como el caucho, la palmera y el jatobá.